Takto už v 11. storočí na bratislavskom hradnom návrší sídlila kapitula pri kostole Najsvätejšieho Spasiteľa. Toto prepoštstvo malo aj výsadu konať “božie súdy”.
Kostol Najsv.Spasiteľa, pochádzajúci zo začiatku 11. stor., bol postavený na zvyškoch staršieho veľkomoravského kostola z 9. storočia.

V 12.storočí sa osada v podhradí, zárodok budúceho mesta, rozrástla, a množstvo poddaných, prichádzajúcich do kostola, ohrozovalo bezpečnosť hradu. Preto v r.1204 požiadal kráľ Imrich I. pápeža Inocenta III. o povolenie premiestniť prepoštstvo z hradu do podhradia, čomu pápež vyhovel.
Preloženie prepoštstva do podhradia bolo zložitou záležitosťou, pričom bolo nutné vystavať tam aj kostol. Preto na mieste kaplnky sv.Martina v podhradí, ktorú postavila v 12.stor. rodina Csukárovcov, bol postavený nový románsky kostol. To sa uskutočnilo v priebehu necelých dvadsiatich rokov, pretože v roku 1221 požiadal prepošt pápeža Honoria o súhlas k premiestneniu funkcie farského kostola Najsv. Spasiteľa z hradu do podhradia, a ten mu vyhovel.
Tak sa stalo, že písomné pramene označujú kostol dvojitým patrocíniom – sv. Martina i Najsvätejšieho Spasiteľa. Postupne však ostáva už len zasvätenie sv. Martinovi, a tak i neskorší gotický Dóm, ktorý nahradil pôvodný farský kostol, je zasvätený tomuto svätcovi.

Kapitula sa usadila v susedstve kostola, v centre terénnej plošiny, na ktorej sa rozrastala osada v podhradí – čiže na dnešnej Kapitulskej ulici. Bratislavská kapitula mala obvykle 14 členov. Počet kanonikov každej kapituly závisel od jej majetkových možností.
Jednou z úloh kapituly bola pomoc biskupovi pri správe diecézy. V prípade Bratislavskej kapituly to bola pomoc ostrihomskému arcibiskupovi. Bratislavský prepošt bol zároveň archidiakonom, a tak preberal z poverenia arcibiskupa účasť na cirkevnej správe: vykonával súdnu právomoc, vizitáciu fár a v roku 1469 bola prepoštovi udelená hodnosť arcibiskupovho vikára v duchovných záležitostiach. Prepošt tak dostal právo postihovať previnenia v duchovnej oblasti, porušenie bohoslužobných povinností, kriminálne zločiny patriace do kompetencie arcibiskupa. Okrem toho pápež udelil bratislavskému prepoštovi v tom istom roku právo nosiť biskupské insígnie (mitru, biskupskú palicu, pálium a i.) počas bohoslužobných obradov na jemu podriadenom území.

Počas tureckých vpádov Uhorsko prišlo o veľkú časť svojho územia. Po obsadení Budína sa do Bratislavy presťahovali kráľovské úrady, a to aj vďaka jej blízkej polohe voči Viedni. Ferdinand I. Bratislavu v r. 1536 povýšil na hlavné mesto Uhorska, kým sa celá krajina znovu nevymaní spod tureckej nadvlády.
Bratislava sa tiež stala, namiesto Stoličného Belehradu, i korunovačným mestom. Celkovo tu bolo korunovaných 11 kráľov a 8 kráľovien, prvým bol v r. 1563 Ferdinandov syn Maximilián II., posledná korunovácia sa v Bratislave uskutočnila v r.1830. Korunovačným kostolom sa stal Dóm sv.Martina.
Keď v r.1543 Turci obsadili Ostrihom, ostrihomský arcibiskup presunul svoje sídlo a aj ostrihomskú kapitulu najprv do Bratislavy, ale vzápätí do Trnavy.

Napriek tomu, že sídelným mestom ostrihomského arcibiskupa sa stala Trnava, predsa arcibiskupi často sídlili v Bratislave. Bolo to najmä z dôvodov plnenia štátnických povinností, ale u niektorých k tomu prispeli aj osobné pohnútky. Buď preto, že pochádzali priamo z Bratislavy (napr. arcibiskup Juraj Lippay), alebo chceli byť bližšie k svojim rodinným majetkom (napr. kard. Jozef Batthyany).

Po odchode z Ostrihomu do Bratislavy bolo treba pre arcibiskupa vybudovať sídlo. A tak z renesančnej kúrie v centre mesta sa stáva Primaciálny palác. Táto budova, viac ráz prestavovaná a zveľaďovaná, však neposkytovala dostatočný komfort pre arcibiskupa a jeho úrad. Preto v r.1614 začal František Forgách s výstavbou letného sídla mimo hradieb mesta, kde na tento účel skúpil vinice.
Pôvodná, jednoduchšia renesančná stavba letného paláca, bola neskôr prestavaná do barokovej podoby, a spolu s rozsiahlou záhradou dosiahla umelecký vrchol za pôsobenia bratislavského rodáka Juraja Lippaya v rokoch 1642 – 1666. Arcibiskup za pomoci svojho synovca Juraja, vzdelaného jezuitu, vybudoval rozľahlý opevnený palác a pri ňom takú záhradu, že očarila delegáciu nemeckých kniežat, ktorí navštívili Bratislavu pri príležitosti korunovácie Leopolda I. za uhorského kráľa v roku 1658.
    

Aj Primaciálny palác v Starom Meste sa dočkal prestavby. Ale – paradoxne – v čase, keď sa už mohlo arcibiskupské sídlo po porážke Turkov v r.1683 vrátiť do Ostrihomu. Lenže o návrat do Turkami poničeného Ostrihomu, ktorý bol navyše mimo centra spoločenského diania, nebol veľký záujem.
Novú budovu Primaciálneho paláca, na mieste pôvodného, dal v roku 1778 postaviť arcibiskup kardinál Jozef Batthyány. Táto reprezentačná budova patrí k najkrajším klasicistickým stavbám Bratislavy.
Toto sídlo neslúžilo len pre samého arcibiskupa a jeho úrad. Už aj pôvodná budova na mieste Primaciálneho paláca poskytovala ubytovanie aj členom panovníckej rodiny. Od prvej prešporskej korunovácie, keď sa Maximilián s rodinou v r.1563 ubytoval u vtedajšieho arcibiskupa, bývali v rezidencii pravidelne ubytovaní najvyššie postavení členovia panovníckej rodiny. A zvlášť potom, keď dal Jozef II. hradný palác prestavať na Generálny seminár, nemohli už panovníci bývať na hrade. Preto sa pre nich počas ich návštev v Bratislave museli upravovať priestory dvoch najreprezentačnejších palácov v meste – rezidencia arcibiskupa a palác kniežaťa Grassalkovicha.
Po smrti Jozefa Batthyanyho už ďalší arcibiskupi v paláci natrvalo neprebývali, ale naďalej ho poskytovali panovníckej rodine.
Primaciálny palác bol miestom aj ďalších spoločensky významných udalostí. V jeho sieni sa konali otváracie zasadania Uhorského snemu, a v roku 1805 v ňom podpísali Mierovú zmluvu medzi Francúzskom a Rakúskom.

Keď sa napokon v r.1820 kardinál Alexander Rudnay vrátil aj so sídelnou kapitulou z Trnavy do Ostrihomu, strácajú na význame aj arcibiskupské paláce v Bratislave.
Zvlášť výrazný úpadok zaznamenal opustený letný arcibiskupský palác, nakoniec poškodený aj požiarom. Sídlo bolo v 19.stor. odpredané armáde, ktorá v ňom zriadila vojenskú nemocnicu. Budova sa dočkala svojho nového povznesenia až v r.1939, odkedy sa stala sídlom slovenskej vlády.
Tiež Primaciálny palác v Starom Meste prestal slúžiť svojmu účelu. Preto v auguste 1903 odkúpilo budovu mesto. Dnes sú v nej reprezentačné priestory primátora mesta a výstavné siene.

Po vzniku prvej Československej republiky v r.1918 sa Bratislava nemohla stať sídlom slovenskej vlády, pretože na toto mesto si robili nároky okrem ČSR aj Maďarsko i Rakúsko.
A tak pri riešení nového cirkevného usporiadania sa o Bratislave ako sídle biskupa neuvažovalo. A to aj preto, že od r.1886 bola Trnava, spolu s Ostrihomom a Budapešťou, sídlom vikariátu. Preto v r.1919 bol do Trnavy za vikára menovaný slovenský kňaz Richard Osvald, s fakultami generálneho vikára nielen pre trnavský vikariát, ale pre celé územie Ostrihomskej arcidiecézy, nachádzajúce sa v Československu.
Následne v r.1922 Svätá Stolica vzala toto územie do vlastnej správy a zriadila v Trnave apoštolskú administratúru. Apoštolským administrátorom sa stal Pavol Jantausch, ktorý bol v r.1925 vysvätený za biskupa.
V roku 1938 bol za trnavského pomocného biskupa vysvätený rektor bratislavského kňazského seminára Michal Buzalka. Keďže rektorom seminára bol i naďalej (okrem rokov 1940-1942), miestom jeho biskupského pôsobenia bola Bratislava. Bydlisko v Bratislave bolo dôležité aj pre jeho druhú funkciu - vojenského vikára pre katolíkov v slovenskej armáde, za ktorého bol Svätou Stolicou vymenovaný v roku 1940. Biskup Buzalka bol rektorom bratislavského seminára až do svojho zatknutia komunistami v r.1950.

V dôsledku problémov, ktoré priniesla Druhá svetová vojna a následne komunistický režim, sa cirkevnosprávne usporiadanie diecéz na Slovensku podarilo doriešiť až v r.1977, kedy sa Trnava stala arcidiecézou, a zriadením Slovenskej cirkevnej provincie jej boli podriadené ostatné diecézy ako sufragánne.

Aj keď Bratislava na dlhé obdobia nebola biskupským sídlom, predsa však aj počas totalitného režimu mala svojho biskupa-robotníka Jána Chryzostoma Korca, ktorý bol hlavou "podzemnej" cirkvi a jeho byt v Petržalke na Vilovej ulici bol srdcom mnohých aktivít angažovaných veriacich.
                                                                    

Pád komunistického režimu znamenal aj rozprúdenie cirkevného života. J.Ch.Korec sa stal "revolučným" rektorom kňazského seminára v Bratislave a zakrátko nitrianskym sídelným biskupom a kardinálom.
V r.1990 Trnavská arcidiecéza dostala dvoch pomocných biskupov. Kým generálny vikár Dominik Tóth sídlil v Trnave, pôsobiskom Vladimíra Fila sa stala Bratislava, kde bol v tom čase "porevolučným" dekanom bohosloveckej fakulty a následne rektorom seminára.
Príchodom biskupa Dominika Hrušovského z Ríma v r.1992, ktorý sa stal ďalším trnavským pomocným biskupom, dostala Bratislava v rámci Trnavskej arcidiecézy vlastného generálneho vikára.
Dominik Hrušovský pôsobil v Bratislave do r.1996, kedy bol menovaný titulárnym arcibiskupom a ustanovený za apoštolského nuncia v Bielorusku. Vladimír Filo bol v r.2002 ustanovený za koadjútora do Rožňavy.

Vznikom samostatnej Slovenskej republiky v r.1993 sa Bratislava stala hlavným mestom suverénneho štátu. V tejto súvislosti sa začalo uvažovať o tom, aby sa stala aj sídlom arcibiskupa-metropolitu.